La iglesia de San Jorge tenía un cementerio exterior, como lo había en otras parroquias de entonces, que debía estar situado en la zona de la puerta de acceso al templo. También disponía de enterramientos dentro de la iglesia junto a los pilares y en las siete capillas particulares, nombradas por su advocación, San Blas, Santos Cosme y Damián, San Marcos, San Miguel, San Gregorio, Santa Ana y la del Crucifijo, que se dice que tenía reja y estaba situada junto a una puerta, quizás la secundaria de acceso al templo.
Además, estaba la capilla mayor, de la que eran patronos los Fajardo, que también servía de enterramiento particular. Es significativo lo que dice en su testamento, en noviembre de 1534, Catalina Gutiérrez de Gomariz. En ese momento la iglesia de San Jorge había dejado de ser tal para convertirse en colegiata y la testadora, previendo posibles conflictos con los canónigos, señala un lugar de enterramiento alternativo. Todo apunta a que los enterramientos en San Jorge se interrumpieron al elevar la iglesia a colegial, y no se volvieron a reanudar hasta que hubo capillas construidas en la girola.
Y fue un miembro de esta familia, Corella Fajardo, en 1532, quien inició un pleito con el abad, canónigos y mayordomo de la futura colegiata para defender su derecho a seguir utilizando esos enterramientos por ser propietarios de los mismos.
Un enfrentamiento de años
Todo ese enfrentamiento, que se prolongó varios años, parece que se zanjó en 1542 porque no se pudo demostrar con rotundidad la propiedad por parte de esta familia, por lo que es de suponer, al no encontrar ningún rastro documental, que volvió a la fábrica de San Patricio la entera propiedad de la capilla mayor en la que años después, no sin controversia, se enterró al primer abad don Sebastián Clavijo.
Sin embargo, está probado que, tanto Gómez Fajardo como su hijo Corella, dispusieron de modo subrepticio de las cinco sepulturas de la capilla mayor en donde incluso habían puesto su escudo de armas.